پژوهش حاضر با هدف تحلیل بایسته‌های علمی پاسخگویی به شبهات و با بهره‌گیری از اندیشه‌های قرآنی شهید امام خامنه‌ای سامان یافته است. امروزه تنوع و گستردگی شبهات در حوزه‌های مختلف معرفتی، ضرورت پاسخگویی را دوچندان نموده است. بدیهی است که ناآگاهی و یا به کار نبستن بایسته‌های پاسخگویی، نه تنها به حل شبهه منتهی نمی‌شود، بلکه ممکن است در برخی از موارد تقویت و استحکام پایه‌های شبهه را به دنبال داشته باشد. بایسته‌های علمی و اخلاقی از جمله بایسته‌هایی است که باید همواره مورد توجه پاسخ دهندگان باشد. استنطاق از بیانات رهبر شهید و توصیف و تحلیل سخنان و مکتوبات ایشان نشان می‌دهد که، در اندیشه قرآنی معظم‌له دو دسته ضوابط برای پاسخگویی مناسب همواره مدنظر بوده است. دسته اول معیارها و ضوابط علمی که پاسخ دهنده باید خود را به آنها مقید کند همانند: تخصص‌گرایی و تسلط معرفتی، آزادی علمی و بیان، پرهیز از زورآزمایی علمی، بهره‌گیری از روش پرسش و پاسخ در فرایند پاسخگویی و ضرورت رویکرد برهانی است. دسته دوم، معیارهای اخلاقی است که باید پاسخ دهنده بدان مشروط و مقید باشد. برجسته‌ترین آن بایسته‌ها عبارت است از: جدال مؤثر و سازنده، حفظ حرمت‌ها، پرهیز از کینه‌توزی و رتق نفاق، پرهیز از تعصب‌افروزی و اصلاح‌گری و خیرخواهی است که با رعایت این ضوابط و شرایط می‌تواند زمینه مناسبی را برای رفع شبهه و هدایت شبهه‌گران و گرفتاران در شبهه فراهم سازد.